optimize and purge mysql data

mysqldump -u root -p --databases `echo "show databases" | mysql -u root -p | grep -Ev "^(Database|mysql|performance_schema|information_schema)$"` > mydb.sql

service mysql stop
remove your databases and ib*. Keep mysql, performance_schema, ...
cd /var/lib/mysql && rm -rf ib* {{{{{{{databases}}}}}}}

Add the following lines to /etc/mysql/my.cnf
[mysqld]
innodb_file_per_table=true

service mysql start
mysql -u root -p < mydb.sql

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