Pour avoir une croix qui permet de vider un select2 il faut qu'une option vide soit définie et que le select ait un placeholder. (le placeholder devrait toujours valoir la même chose que la value vide.)
avec form_row / form_widget ça correspond à empty + placeholder :
{{ form_widget('type', 'select', {value: absence.type, placeholder: trans('Tout types'), empty: trans('Tout types'), options: absenceTypes}) }}